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    • 基于轉錄組學的肝內膽管癌預后相關基因分析

      目的從轉錄組學層面研究肝內膽管癌(ICC)發生異常的生物學通路并發現與 ICC 預后相關的基因。方法通過 t 檢驗和倍數變化法篩選差異表達基因并對相關基因進行 KEGG 功能富集分析;利用 STRING 數據庫構建蛋白質互作網絡,通過計算每個節點的度、介數和接近中心性來尋找網絡的 Hub 節點;采用 log-rank 檢驗進行 Kaplan-Meier 生存分析,識別 ICC 預后相關基因。結果在 3 個數據集中重復的 ICC 相關的差異表達基因共 1 134 個,主要參與 15 條通路,包括參與 DNA 復制、細胞周期、藥物代謝、RNA 轉運等信號通路和氨基酸合成等生物學過程。通過蛋白質互作網絡分析發現 TAF1、GRB2、E2F4、HNF4A、MYC 和 TP53 基因是 Hub 節點。因 GRB2 和 TP53 既是蛋白質互作網絡的 Hub 節點也是 ICC 死亡相關基因,因此分析其高低表達發現,GRB2 基因低表達者較其高表達者總生存情況更好(P=0.040 9),而 TP53 是低表達者較其高表達者總生存情況更差(P=0.027 3),且在 TCGA 數據庫中也得到驗證。結論ICC 的發生與細胞代謝異常息息相關,且 TAF1、GRB2、E2F4、HNF4A、MYC 和 TP53 這些差異表達基因是 ICC 發生發展的重要基因,尤其是 GRB2 和 TP53 基因的表達與 ICC 預后有關。

      發表時間:2021-04-30 10:45 導出 下載 收藏 掃碼
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